Я бы составила таблицу - первая строка - слово ПЕРЕСТАНОВКА, вторая строка порядок буквы в русском алфавите в слове ПЕРЕСТАНОВКА (если повторяется, то сначала получит номер из алфавита а при повторении номер на один больше).
В следуюших строках перепишу шифрованное сообшение (строка длиной 12 букв, как и слово перестановка. А теперь буду перемешать в соответствии с номерами в ключе (который я тоже сначала перемещу по порядку возрастания номеров букв).
К сожалению, у меня сейчас нет времени доделать практически, так что только идея. Много удачи.