У нас сеть магазинов в нескольких городах, хотим продвигаться в каждом регионе отдельно. Как лучше собрать семантику с учетом геозависимости и не перепутать запросы, чтобы не показывать московские товары в Новосибирске?

Для локального продвижения нужны инструменты, которые понимают географию и умеют сегментировать выдачу по регионам. В этом плане удобно работать в http://xcaptcha.com/ там можно собирать ключи сразу с привязкой к конкретному городу и смотреть, какие страницы ранжируются именно в этом регионе. Это помогает не только правильно распределить семантику, но и оценить конкурентную среду в каждом городе отдельно. Очень полезная штука для региональных сетей, когда нужно масштабироваться и не сливать бюджет на нецелевые показы.