Добавьте еще одно уравнение - основное уравнение динамики вращающегося тела. В данном случае будем иметь: I*b = (F1-F2)*r
Кроме того, выбираем в качестве положительного направления движения - направление движения тела 1. Тогда записанные Вами два уравнения нужно записать:
Для m1:-F1+m1g=m1a1
Для m2:F2-m2g=m2a2 ;
a=r*b - это верно, а вот если блок считать диском, то I=ma*a/2