Для чисел кратных 9 недостаточно типа integer для переменной k, т.к. минимальное число, которое делится на 9 - это 111111111.

Для оптимизации вашего метода можно цикл с параметром
for m:=1 to length(A) do
begin
if (A[m]='1') or (A[m]='0') then
inc(S);
if S=length(A) then
flag:=true;
end;

заменить на цикл с условием.