Нужно представить себе некоторую аналогию с 10-тичной системой, в которой обычно все считают .Ведь когда мы занимаем у нуля, то мы ставим в разряд 9 и помечаем, что эта 9 тоже уже занята из следующего разряда.

Получится как-то так:
1) Из 1 вычли 1, получили 0.
2) Из 1 вычли 1, получили 0.
3) Из 0 вычитаем 1, нужно занимать, занимаем из 0.
Получаем:
в текущем разряде 10, 10-1 = 1
В следующем разряде, в который мы тоже занимаем, 10-1=1
В разряде, что стоит через 1, будет 0 (заняли 1 из 1, осталось 0, но дальше не занимаем)
4) 1-1=0
5) 0-0=0

А вообще корректнее было бы перевести в доп. код и в них считать, так делают современные микропроцессорные системы.