Надо зафиксировать также какой номер у максимального элемента.
Например так (k = 0 - номер максимального элемента):
if (a[i]>max)
{
k = i;
max = a[i];
}
А в конце (l - номер минимального элемента)
s = a[k];
a[k] = a[l];
a[l] = s;