А почему они должны совпадать? Поток через полную поверхность равен сумме потоков через все грани (два из них нулевые, а два - не нулевые).
И еще. Когда Вы поток через полную поверхность считаете, какую функцию Вы интегрируете? Там должна стоять дивергенция.