Выражение может быть иным, например косинусы могут быть выражены через синусы по формулам приведения, некоторые программы могут это выражение упростить. Но если построить график функции, то вид его в любом случае будет одинаков.

Например одна программа напишет выражение 1-(sin(x))^2, а другая напишет (cos(x))^2

Но выражения равносильны 1-(sin(x))^2=(cos(x))^2 и в обоих случаях будет правильно и график будет одинаков.