зарядка и разрядка конденсатора осуществляется по экспоненциальному закону, соответственно теоретически он полностью заряжается и разряжается при t=бесконечности, однако практически зарядка/разрядка считается завершенной при t=(5...10)RC, при этом напряжение на конденсаторе равно E с исчезающе малой погрешностью. Однако если вы длительность импульсов и паузу между ними выбирите меньше 5...10RC, то естественно, конденсатор не будет успевать заряжаться и разряжаться, сл-но напряжения на нем будут отличаться от E.